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部分子宫内膜异位引起的不孕症输卵管通畅，并无盆腔解剖结构上的异常改变，其不孕有以下原因：
1.腹水的量、成分与不孕。患者的腹水量为10-20ml，而正常人<10ml。患者腹水中巨噬细胞和淋巴细胞增加，腹水酸性磷酸酶增高，这种巨噬细胞功能的激活现象，可使激活的巨噬细胞吞噬精子影响受孕。此外，巨噬细胞与抗原物质，如致炎物与倒流的经血相遇时，会加速分裂繁殖，对精子和卵子有直接细胞毒害作用，从而干扰妊娠。
2.子宫内膜异位可伴随不排卵。据报道子宫内膜异位症有17%-27%不排卵，其机制和患者卵泡细胞的LH受体少有关。
3.卵巢黄体期缺陷。观察到部分患者黄体期≤10天，子宫内膜定期病理检查黄体期缺陷，其黄体缺陷的发生率据报道为25%-40%。黄体功能不全不但降低受孕率，同时增加自然流产率。
